中心实行理事会领导下的主任负责制。理事会为重大发展事项的决策机构，学术委员会为学术事项的最高决策机构，主任联席会议为执行机构。理事长由上海社科院原院长张道根教授担任，各主要协作单位为副理事长单位，著名战略问题专家黄仁伟教授担任协创中心学术委员会主席，各协作单位重点学术团队负责人担任协创中心主任联席会议成员。